Innan Fyren
1868 restes ett stenkummel med stång och tavla på Storkläppen. Sjömärket var endast 7 m högt och ansågs vara otillräckligt varför en 13 m hög båk restes under sommaren 1875. Båken som byggdes redan 1855 på Svenska Högarna och flyttades till Storkläppen efter att fyren på Svenska Högarna tagits i drift 1874.
Första Fyren
1890 påbörjades arbetet med att anlägga en fyrplats på Storkläppen. Fyren Västgarn på Gotland tillförde inget för sjöfarten då fyren på Stora Karlsö tagits i drift 1889. Så man flyttade den fyren från Västgarn till Storkläppen. Samtidigt byggde Ekmans Mekaniska Snickerifabrik bostadshus och uthus för fyrvaktarpersonal med familjer. Flera byggnader förstördes under den så kallade Kläppenstormen i november 1890, en av anledningen till ödeläggelsen var att det vid tillfället för stormen var extremt högt vatten. Fyrplatsen blev färdig under 1891 och fyren tändes 1530 den 1 november 1891
Andra Fyren
Efter stormen 1890 beslöts att placera fyren i den gamla båken och 1892 installerades en lanternin med fyrapparat uppe på båken.
1894 flyttades ”Västergarnsfyren” till Viskär för att nu bli Arkö inre i enslinjen för inloppet till Arkösund.
1893 inköptes ön Kläppen från frälsehemmanet ½ mantal Städsholmen varvid lotsstyrelsen erhöll lagfart.
Fram till och med år 1931 användes fotogen som energikälla. Fotogenen ersattes då av en dalénfyr vilket bl. a ökade ljusstyrkan. Vid denna förändring drogs tjänsten som fyrvaktare in och Fyrmästaren fick ensam sköta fyren, dock fanns ett biträde under vinterhalvåret.
1903 fick två bergsprängare uppdraget att bredda och fördjupa den kanal som finns mellan Mellankläppen och skäret.
Den vågbrytare som finns anlades 1923 och utökades 1938. I samband med arbetena 1938 sprängdes en grundklack i hamninloppet bort samtidigt genomfördes en upprensning av hamnen och en ny båtslip byggdes. Båtslipen med räls, wire, spel mm såldes ett år efter avbemanningen till en fiskare på Hasselö.
1965 automatiserades fyren och bemanningen drogs in.